Bonjour à toute la famille SciGi, je m’appelle Elina THIBEAU-SUTRE et je suis en post-doctorat depuis le 15 février 2022 et pour deux ans à l’université de Twente aux Pays-Bas.
Ma thèse a aidé à constitué et développer des méthodes pour l’étude de la maladie d’Alzheimer, première cause de démence dans le monde.
Il y a en effet encore beaucoup d’études sur cette maladie, car malgré sa définition il y a plus d’ un siècle, un désaccord persiste sur les mécanismes déclencheurs et les manières de ralentir sa progression.
Une thèse utile à la société
Aujourd’hui mes collègues et moi cherchons à produire des méthodes pour aider les médecins à mieux comprendre et diagnostiquer les différentes formes de cette maladie. Ces méthodes appelées deep learning ou apprentissage profond sont en réalité un type d’intelligence artificielle composé de réseaux de neurones artificiels s’inspirant du cerveau humain. Ces nouvelles méthodes étant en développement, elles comportent encore des problèmes.
Dans le domaine de l’étude d’Alzheimer, il existe un véritable problème de reproductibilité des expériences réalisées avec ces méthodes : ainsi deux équipes de recherche réalisant la même expérience peuvent obtenir des résultats très différents, ce qui fait qu’on ne peut aboutir à aucune conclusion.
Grâce à ma thèse intitulée : Reproducible and interpretable deep learning for the diagnosis, prognosis and subtyping of Alzheimer’s disease from neuroimaging, j’ai pu devenir officiellement chercheuse. J’ai montré quels étaient les défauts des méthodes utilisées qui menaient à cette absence de reproductibilité, aidé à mieux interpréter les résultats de ces méthodes et produit une base de code qui permet aux chercheur•se•s de conduire des expériences dans un environnement qui empêche ces défauts.
J’ai commencé dans mon laboratoire par un stage de recherche de 6 moins. Même si ça ne fait pas partie de la thèse, cela a orienté son déroulement, et puis c’était aussi une bonne manière de m’assurer que l’environnement me plaisait avant de démarrer une thèse, qui est quand même un contrat qui dure au moins trois ans.
Je dirais que les grandes étapes de ma thèse peuvent se résumer par une période de flottement où on ne sait pas trop où on va, puis la découverte de quelque chose potentiellement intéressant et enfin le rush de l’écriture de l’article pour le soumettre avant l’échéance.
Mon parcours académique
J’ai fait mon lycée dans ma ville d’origine à Pau, où j’ai passé un bac S. J’ai ensuite décidé de faire une prépa scientifique dans le lycée Louis Barthou, toujours à Pau, notamment parce que je voulais continuer à faire de la musique et que cela aurait été compliqué en partant (je joue de la harpe, un instrument particulièrement peu transportable).
Ensuite, j’ai été admise à l’école des Mines de Paris. Contrairement à la prépa que j’avais beaucoup appréciée, j’ai eu beaucoup plus de mal avec cette partie-là de mon cursus, et à ma sortie d’école, j’avais l’impression de n’être capable de rien faire. Parallèlement à ça, ma sœur faisait un master de sciences cognitives et me racontait ce qu’elle voyait en cours, et ça avait l’air fascinant ! C’est pourquoi après mon école d’ingénieur j’ai continué avec un Master 2 dans l’ingénierie biomédicale, spécialité neurosciences. Le but du master était également de cibler lors du stage final de 6 mois, un laboratoire qui pourrait ensuite m’accueillir en thèse, et c’est ce qui s’est effectivement passé.
Pour faire de la recherche, il faut être à l’aise avec les matières en relation avec son domaine ! Pour moi ce sont les mathématiques, l’informatique, et dans une moindre mesure les domaines auxquels je les applique (sciences du vivant, physique). Mais il est possible de conduire des études de recherche dans n’importe quel domaine, comme la littérature, l’économie, la philosophie, l’histoire… En fait il faut juste avoir un attrait pour la matière en lien avec le domaine.
La partie la plus difficile de mon parcours a été la période pendant laquelle j’étais en école d’ingénieur. Outre le fait que beaucoup de cours ne m’intéressaient pas, c’est un environnement très fermé et j’avais l’impression que mon espace ne s’étendait que de ma chambre aux salles de cours. J’avais également d’avantage l’impression d’apprendre à faire semblant que de consolider de réelles connaissances. Cet aspect est un défaut parfois reproché aux écoles qui se veulent généralistes. Heureusement c’était très différent en Master 2 !
Quand on parle d’un chercheur (et beaucoup plus rarement, d’une chercheuse) on voit quelqu’un en blouse blanche dans un laboratoire fermé, et on identifie ça à certaines matières seulement (la physique ou la chimie notamment). Mais en fait il y a de la recherche dans tous les domaines ! Ainsi certaines personnes passent leur journée en montagne à faire des relevés, d’autres à interviewer des gens, ou d’autres encore comme moi sur un ordinateur sans toucher une éprouvette.
Concernant le domaine de l’intelligence artificielle, je pense que cela peut susciter plusieurs vocations car c’est en fait un domaine interdisciplinaire. On peut la pratiquer d’un point de vue théorique, et dans ce cas-là cela consistera à faire des mathématiques. Mais aussi d’un point de vue pratique, on peut la combiner avec n’importe quel domaine.
Un avantage important de la recherche est, je trouve, la liberté, tant au niveau de mon propre emploi du temps : je suis assez libre dans mes horaires que dans les sujets que j’aborde : je fais en grande partie ce qu’il me plaît.
Pas uniquement de la recherche, mais aussi des loisirs
Je fais de la harpe depuis plusieurs années déjà, et j’ai toujours réussi jusque-là à m’inscrire dans un conservatoire pour faire des cours de musique de chambre avec d’autres musiciens.
Je joue également à des jeux de société, des jeux de rôle, murder party et de temps en temps des jeux vidéo.
Pendant le confinement j’ai découvert le crochet et depuis j’ai fait plein de peluches (comme celle sur la photo à droite) pour ma famille, et aussi pour mon labo.
je reprends aussi le yoga et je suis très contente d’être aux Pays-Bas car ça me permet d’aller au travail à vélo !
Le mot de la fin
On pense souvent que pour faire de la recherche il faut être bon dans toutes les matières pourtant il suffit simplement d’être à l’aise avec les matières en relation avec son domaine.
J’ai été parfois considérée comme fragile ou sensible, notamment en raison de problèmes de santé que j’ai eu au lycée. Lorsque je suis sur le point d’abandonner, je tiens tête car il est hors de question que j’entende encore que c’est trop difficile pour moi !
Elina THIBEAU-SUTRE : Chercheuse sur la maladie d'Alzheimer mais aussi virtuose
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